Al doilea seminar pentru monahii a fost deschis la 20 martie 1949 de către Întâistătătorul român la Mănăstirea Văratec. În primul an de studiu au frecventat 51 de eleve, monahii şi surori, iar un an mai târziu, printr-o hotărâre a Sfântului Sinod din 5 octombrie, seminarul a fost mutat la Mănăstirea Agapia, având hramul „Cuvioasa Parascheva“, şi conducerea asigurată de maica stareţă Veronica Constantinescu.
Cele mai multe subvenţii pentru buna organizare şi funcţionare a seminarului veneau din partea Patriarhiei Române şi a Mitropoliei Moldovei şi Sucevei. În 1950, seminarul avea 8 profesori şi 35 de eleve în clasa a I-a, 14 eleve în clasa a II-a şi 26 de eleve în clasa a III-a.
