Părintele Efrem Vatopedinul provine dintr-o familie cipriotă săracă, dar evlavioasă. S-a născut în 1956 în localitatea Peristeronopighí din Cipru. A rămas orfan de copil, atunci când tatăl său a fost omorât de turci, în faţa întregii familii, în timpul invaziei din 1974. După încheierea studiilor liceale, în 1974 a intrat la Facultatea de Teologie a Universităţii din Atena. A absolvit în 1978 şi s-a întors în Cipru unde, în 1979 a fost numit profesor la Şcoala Bisericească „Apostolul Varnava” din Nicosia. În 1981 a hotărât să devină monah la Sfântul Munte, intrând în obştea lui Gheronda Iosif. A fost hirotonit diacon în 1983 şi preoțit în 1984. După ce a fost ales egumen la Vatoped, Părintele Efrem a preluat administrarea mănăstirii şi îndrumarea duhovnicească a monahilor acesteia.