Acesta se născu în Kazan în preajma anului 1530. După cum el însuși mărturisește, sluji ca preot într-o biserică a Sfântului Nicolae din apropierea târgului din Kazan. Mai apoi îmbrăcă haina monahală, iar din 1582 deveni arhimandrit al mănăstirii Schimbării la Față din Kazan, iar 13 mai 1589 fu uns episcop și cel dintâi mitropolit al Kazanului.
În vreme slujirii sale ca preot în biserica Sfântului Nicolae, fu aflată icoana Maicii Domnului din Kazan.
Cu binecuvântarea arhiepiscopului Ieremia al Kazanului, sfântul Ermoghen purtă pe brațe icoana de la locul aflării sale până la biserica Sfântului Nicolae unde slujea acesta. Având darul scrisului, sfântul Ermoghen scrise în anul 1594 despre minunata aflare a icoanei și minunile săvârșite prin harul ei.
În anul 1591, sfântul adună tătarii botezați de curând în biserică și vreme de mai multe zile îi învăță dreapta credință.
Un an mai târziu, în 1592, cinstitele moaște ale sfântului Gherman, arhiepiscopul Kazanului care trecuse la cele veșnice în Moscova la 6 noiembrie 1567, în vremea molimei, fură mutate în biserica Sfântului Nicolae unde slujea sfântul Ermoghen.
Mai târziu, cu binecuvântarea patriarhului Iov, sfântul Ermoghen mută moaștele sfântului Gherman în mănăstirea Adormirii Maicii Domnului Sviajsk.
La 9 ianuarie 1592, sfântul Ermoghen trimise o scrisoare patriarhului Iov prin care îi cerea binecuvânta pomenirea în Kazan a ostașilor care își dăduseră viața pentru apărarea dreptei credinței și a patriei în lupta împotriva tătarilor. Pomeni și numele a 3 mucenici care pătimiseră în Kazan pentru credința în Hristos. Cel dintâi era Ioan care se trăgea din Nijni Novgorod (pomenit la 24 ianuarie) și fusese prins de tătari. Ceilalți doi erau Ștefan și Petru, tătarii drept credincioși (pomeniți la 24 martie). Sfântul Ermoghen își mărturisi mâhnirea că numele acestor sfinți nu sunt pomeniți în Duminica Ortodoxiei și nu li se cânta „veșnica pomenire”.
Drept răspuns la scrisoarea sa, patriarhul hotărî la 25 februarie ca în ținutul Kazan să se săvârșească o panihidă pentru toți ostașii căzuți pe câmpurile de luptă din Kazan și din preajma acestuia în prima duminică după sărbătoarea Acoperământului Maicii Domnului (1 octombrie) și binecuvântă pomenirea martirilor, lăsând pe sfântul Ermoghen să stabilească ziua când se va săvârși aceasta. Sfântul Ermoghen trimise hotărârea patriarhului Iov în întreg ținutul Kazanului, cerând a se săvârși în ziua de 24 ianuarie Liturghii, Panihide și Litii în toate bisericile și mănăstirile din Kazan.
În anul 1595, prin râvna și evlavia sfântului ierarh Ermoghen, fură descoperite cinstitele moaște ale sfântului Gurie, arhiepiscopul Kazanului și ale sfântului Varsanufie, episcopul Tverului. Nespusă îi fu bucuria când află trupurile lor și hainele ce îi acopereau necuprinse de stricăciune și pline de bună mireasmă.
Cneazul Teodor Ioannovici (1584-1598) porunci a se ridica în mănăstirea Schimbării la Față o biserică din piatră în care să fie așezate cu cinste și evlavie moaștele celor doi sfinți ierarh făcători de minuni. Sfântul Ermoghen însuși scrise vieţile sfinților ierarhi Gurie și Varsanufie.
Fiind aflat vrednic, mitropolitul Ermoghen fu ales patriarh al Moscovei la 3 iulie 1606 în Catedrala Adormirii Maicii Domnului. Iubitor al smereniei, sfântul Ermoghen sosi la catedrală așezat pe un măgar.
Slujirea sa în scaunul de patriarh fu săvârșită în vremuri tulburi. Sfântul păstor se osteni mult în lupta cu Uniația și încercarea catolicilor apuseni de a sfâșia poporul drept credincios.
Tulburările crescând tot mai mult, polonezii și trădătorii ruși dădură foc orașului, îl forțară pe sfântul patriarh să părăsească tronul patriarhal și îl închiseră în mănăstirea Ciudov.
În Lunea Săptămânii luminate din anul 1611, miliția rusească se apropie de Moscova și începu asediul Kremlinului care ținu câteva luni. Asediați în Kremlin, polonezii trimiseră mesageri sfântului Ermoghen cu cererea de a porunci miliției să părăsească orașul, amenințându-l cu moartea dacă se va împotrivi.
Sfântul păstor răspunse neînfricat: „Ce sunt amenințările voastre către mine? Eu mă tem numai de Dumnezeu. Dacă dușmanii noștri vor părăsi Moscova, voi binecuvânta ca miliția rusească să se retrag din Moscova, iar dacă rămân, binecuvântez ca aceasta să rămână neclintită și să își dea viața pentru credința cea adevărată”.
În vremea șederii sale în închisoare, sfântul Ermoghen trimise o ultimă scrisoare poporului rus în care binecuvânta biruința armatei asupra invadatorilor.
Comandanții ruși nu reușiră să ajungă la o înțelegere în preluarea Kremlinului și eliberarea sfântului Ermoghen. Din această pricină, sfântul păstor pătimi vreme de 9 luni în detenție îngrozitoare pentru ca la 17 februarie 1612, din pricina foamei, să își dea sufletul său cel râvnitor în mâinile Domnului.
În cele din urmă, ținutul rusesc fu eliberat, după cum binecuvântase sfântul Ermoghen. Trupul său fu înmormântat cu mare cinste în mănăstirea Ciudov, iar în anul 1654 fu mutat în Catedrala Adormirii Maicii Domnului din Moscova unde săvârși mulțime mare de minuni.
Biserica îl proslăvi cu sfinții la 12 mai 1913. Pomenirea sa se săvârșește la 17 februarie (1612, mutarea sa la odihna cea veșnică), 12 mai (1913, proslăvirea sa cu sfinții) și 5 octombrie (Soborul Sfinților Ierarhi ai Moscovei).